在1998年，中国国务院颁布促进改革棉花流通体制改革的决定，这个决定在国家宏观调控下向市场机制转变，中国棉花的贸易政策明显改变，国家发展和改革委员会（NDRC）调整市场因素，如棉花供应和需求情况，棉花生产成本，棉花比价关系的基础上以宏观的方式发挥其市场调节机制。

    加入WTO后，中国已经逐步授予棉花进口和出口许可证，这些企业包括一些合格的纺织企业，例如，衣服制造行业，安全防护的棉纱手套行业，棉花商业企业和外国贸易企业，同时建立和完善中国的管理系统，对棉花进口和出口关税率配额管理系统。自2002年以来，棉花配额已通过国家发改委统一管理，根据其加入世界贸易组织的条款，中国不得不同意建立一个日历年度关税配额，配额关税为1％。中国从2003年开始，除了这些常规的年度关税配额894000吨，释放额外的配额为500,000，700,000或1,000,000吨。更高的规模应用到这些额外的配额。在2003年和2005年间，共有四500,000和1,000,000吨之间的规模滑动关税配额公布。在2006年2月，更发布了一个创纪录的150万吨规模滑动税额外的配额，并于2006年4月，一个特殊的20万吨配额被释放的美国棉花，中国棉花进口明显影响国际棉价。2003年以来，棉花进口配额分配并没有满足国内的需求。2003年7月，中国又增加了50万吨棉花进口配额，导致纽约棉花交易所连续暴涨至涨停。从那时起，中国政府已颁布了几次额外的配额，但因为官方发布的消息称，中国加入到其它的配额和实际发放的配额之间的时间滞后，市场价格通常会下降，而不是上升时的配额。

    稳定国内棉价，保护国内棉农的利益。其次，间接推动中国纺织工业的产业升级。关税税率对那些进口低等级棉的纺织企业在成本增加和成本下降的变化，对于那些进口的高档纯棉，鼓励企业减少进口低等级棉，提高其纺织产品的质量和档次。这也鼓励纺织企业转向生产高附加值的产品，从而促进纺织洗牌。